水稻穗颈瘟在扬花灌浆期，受气候条件影响，很容易大面积爆发。染病后会导致穗颈节坏死，切断养分通道，从而形成白穗或瘪粒的稻穗，造成一定程度的减产。通过增施有机肥、选种等科学的防治能降低水稻穗颈瘟的发病率，主要防治方法如下：
一、整地选种。
1、深翻土地，施足底肥，灌好底墒。
2、选用优良抗病品种，并用新高脂膜（可与种衣剂混用）对种子进行拌种处理（能有效隔离病菌感染，不影响萌发吸胀功能，加强呼吸强度，提高种子发芽率和出苗率）。
3、按要求播种后，用新高脂膜喷洒苗面，能提高幼苗抗病能力，保护其茁壮成长。
二、合理施肥。增施有机肥和P、K，同时喷施新高脂膜，保墒、保肥促吸收，有效预防水稻穗颈部病毒感染。
三、科学用水。防止深水漫灌，保持田间干燥，连阴雨天及时清沟排水。
四、药剂防治。在破口前2-3天，用40%富士1号乳油+新高脂膜喷雾。根据天气情况7-10天后再喷药一次。
