水溶肥的溶解度好，易被作物吸收，养分效率高，满足了设施生产标准化、省水省工省钱的要求。但施肥人员往往把重点放在灌溉系统的操作和使用，而忽视了水溶肥本身作为化肥也要按配方施用。这里的配方不仅是指氮磷钾的数量，还要考虑土壤、作物、水和其化学性质等因素，合理安排种类、数量和施用时机。
一、水溶肥施用必须精量控制
许多研究表明，根层土壤溶液养分浓度与作物生长及产量有密切的关系，维持根层土壤溶液养分浓度，作物对养分的吸收和利用。水溶肥一般由易溶的化肥（如硝酸钙、硝酸钾、磷酸二氢钾）等组成，养分含量也比一般复合肥养分含量高。
随水进入土壤后，可以很快提高土壤溶液养分浓度，促进作物吸收。但同时也会加快土壤离子代换反应，因此，水溶肥使用方法比其它肥料更复杂，必须精量控制。如果不能科学施用会引起土壤次生盐渍化或养分拮抗作用发生，影响作物生长。例如，现在已经出现由于过量施用高钾水溶肥，导致番茄等对钙、镁等吸收不足，发生脐腐病的现象。
二、根据土壤条件施用
土壤酸碱度不同，应选择相应的生理性酸性或碱性肥料中和。
酸性土壤要使用生理碱性水溶肥，如硝酸钠来中和酸度；
碱性土壤则选择生理酸性肥料，如硫酸钾来中和碱度。
结构不良土壤（砂性土、薄层土或黏重土），减少硝态氮肥使用。因肥料容易随水流失或因渍水引起的反硝化作用，如果要用，应基施腐熟有机肥配合。对于已出现盐渍化的土壤，要慎重使用高浓度水溶肥，选用中性中低浓度水溶肥。
三、水分影响有三方面
1.水分的量，比如，西瓜进入成熟期后，要控制浇水，同时减少水溶肥用量。如果浇水不当常发生裂瓜现象。
2.水中离子与水溶肥反应，发生沉淀堵塞滴头。北京地区地下水硬度比较高，钙和镁含量高，易于水溶肥中磷酸根离子、硫酸根离子结合形成沉淀。
3.水溶肥浓度过高，会对一些作物造成伤害。因此水溶肥与灌溉水二者必须形成相互配套的关系，既要根系湿润，又要减少淋洗损失。
在不同水溶肥混用时，要注意其原料构成，注意保持养分元素之间相互平衡。举例来讲，硝态氮源为生理碱性盐，如硝酸钙、硝酸钾、硝酸钠等。在高pH值可能造成铁、锰、镁等微量元素产生沉淀而使其有效性降低。
总之，要想 大程度发挥水溶肥的优势，必须综合考虑水溶肥与作物、土壤、水在空间上的一致性和时间上的同步性，制定相应的施肥配方与灌溉计划。