发生在烟草上的病害可分为侵染性病害和非侵染性病害。所谓侵染性病害，是指由生物因素所引起的病害，这类病害能互相传染，有侵染过程。能够导致发生侵染性病害的病原物有真菌、细菌、病毒、线虫、寄生性种子植物等五大类，烟草是这些病原物的寄主。病原物的存在是植物病害发生的重要因素，烟草上发生的青枯病、野火病、空茎病等是由细菌引起的，黑胫病、根黑腐病等是由真菌引起的。控制这些病原物的传播和蔓延是防治植物病害的重要措施。所谓非浸染性病害，是由非生物因素引起的病害，这些非生物因素一般包括营养物质缺乏或过多，水分供应不协调，温度过高或过低，日照不足或过强，土壤和空气中有毒物质的存在，农药使用不当等，这类病害有时又叫生理病害。如烟草上发生的气候性斑点病、烟草缺素证等。
用于防治植物病害的化学农药，通称为杀菌剂。从字义上看，“杀菌剂”都必须把病菌杀死，但实际上有的防治植物病害的杀菌剂并没有把病菌杀死，而是抑制其生长或使病菌孢子不能萌发，菌丝停止生长；有的却对菌性作用，而是改变病菌的致病过程或通过调节植物代谢诱导（提高）植物抗病能力。所有这些能达到防治植物病害的化学物质都包括在广义的“杀菌剂”一词中。针对烟草上不同的病害有不同的杀菌剂，针对不同的杀菌剂有不同的应用技术，本章将进行详细介绍。杀菌剂对烟草的保护作用就体现在这些药剂可以控制危害烟草正常生长的病原菌上，并能够确保烟草的健康生长。
采用杀菌剂控制烟草病害的原理主要包括化学保护、化学和化学免疫三个方面。
化学保护是指病原菌侵入烟草之前用药把病原菌杀死或阻止其侵染，使烟草避免受害而得到保护。
植物被侵染发病后也可以用化学药剂控制病害的发展，这些药剂能将病菌杀死或抑制病菌生长，从而起到保护植物的目的，这种方法称化学。一般来说，化学比化学保护困难得多，因为病菌侵入植物后，与植物细胞有着密切的关系，药剂进入植物体内，既要对病菌有毒杀或抑制作用，又要不会对植物造成伤害，要达到这个目的，只有内吸性杀菌剂的出现和广泛使用才能实现。
化学免疫是利用化学物质使植物产生某种抗病性。植物抗病性的出现，是由于植物细胞内潜在的抗性基因表达的结果，这种基因的表达可以通过生物的或非生物的诱导作用来达到。非生物的诱导剂则可看作为一种新型的杀菌剂。
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对常见的病原菌有｛如病毒性病害、细菌性病害以及土传性病害｝，在杀菌治病的同时，可在作物表面形成一层气态保护膜，防治病害，持效期可达30天。
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