一是土壤湿度
施用生物菌肥后一定要注意合理浇水，***好选择晴天上午浇小水，这样不仅能提高地温，还能通过放风排湿。注意浇水后***好要进行划锄，以此来增加土壤通透性，利于生物菌发挥效果。
二是土壤温度
据了解，生物菌肥中的生物菌一般在土壤18℃～25℃时生命活动***活跃，15℃以下时生命活动开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱甚至休眠。这就需要首先控制好棚内的气温，以气温促地温回升。
一般棚内气温白天应保持在25℃～30℃为宜，夜间棚内温度低，为避免地温散失，维持地温恒定，除了采取地膜覆盖外，可在操作行内覆盖作物秸秆。
三是土壤酸碱度
资料表明：土壤pH值在6.5～7.5之间时***适合生物菌的繁殖，菜农可根据自己土壤的情况进行改造，让土壤pH值达到6.5～7.5，生物菌大量繁殖。
此外，菌肥主要靠分解土壤中的有机质生存繁殖并转化营养。因此，菌肥需要配合有机肥使用，如果土壤中有机质过于缺乏，使用再多的菌肥也无济于事。