大量使用化肥后会使土壤改变，土壤破坏在农业生产当中表现为土壤板结、酸化、次生盐渍化、以重金属含量超标为代表的土壤污染严重、作物重茬死苗烂根严重等现象，这个时候，微生物肥料可以大显身手了。
微生物菌剂的作用
1、提高作物产量
有效菌可以分泌赤霉素、细胞分裂素、生长素等物质，可以刺激、调节、促进作物的生长发育，利于作物增产。
2、改善作物品质
分解、释放多种中微量元素，可以使作物更好的吸收，提高作物体内蛋白质、氨基酸、糖分等含量。
3、增强作物抗逆性
有效菌可以分泌多种抑菌物质、抗生类物质和多种活性酶的功能，可以抑制或者杀死多种土传病害，降低病害发生的概率，增强作物抗旱、耐寒、抗倒伏及抗盐碱能力等，还可以有效预防作物生理性病害的发生。
4、提高化肥利用率
有效菌可以分解土壤中的有机质，并且生成腐殖酸可与土壤中的氮形成腐殖酸铵，减少氮肥流失。叶虹时光微生物菌剂还具有很好的解磷、解钾的作用，可以将土壤中无效态的磷、钾转化为有效态的磷钾。
5、改善土壤环境
有效菌可以促进土壤中难溶性养分的溶解和释放，提高土壤养分供应能力；分泌的胞外多糖可以增强土壤的团粒结构，疏松土壤，提高土壤通透性和保水保肥能力，增加土壤有机质的含量，改善土壤养分供应状况。
微生物菌剂这样用，效果翻倍
把购买到的微生物菌剂使用一半冲施到土壤中，另外一半倒入到一个塑料桶中，塑料桶较好为不透明，再倒入清水，注意不要用自来水，很多自来水有杀菌剂。
在塑料桶中加入少量的微生物菌剂，加入一把白糖后搅拌一下，放置到阴暗处。半个月后你就会发现塑料桶中有很多菌丝，这就证明微生物菌在塑料桶中已经繁殖，微生物菌数量已经增加很多。
把塑料桶中的微生物菌施入土壤中一半，剩下的一半按照同样的操作顺序进行，基本上两个月或者一个半月以后，你的土壤松软的像海绵，关键是花钱很少，投入成本很低，现在我的大棚基本上病虫害都很少。
所以笔者认为，21世纪我们要做有知识、有技术的新型种植户。在选用肥料的时候就用能解决作物问题的肥料，选对微生物菌剂，才能有更好的收益。