秸秆腐熟剂主要适用于秸秆直接还田和堆腐后还田。使用适宜区域为：有水源的水稻-水稻；水稻-小麦（油菜）；或小麦（油菜）-水稻两季耕作方式的水田。
一、秸秆腐熟直接还田
1、平铺秸秆：小麦、油菜、早稻收获后，除去田间杂草、平整田地，将收获后的作物秸秆均匀、不规则地平铺在田地地面。采用机械收割的，将作物秸秆粉碎后均匀地撒施地面，切忌碎草成堆。
2、使用秸秆腐熟剂：每亩将2公斤家农微生物腐熟剂与5公斤碳酸氢铵、3公斤过磷酸钙混合后，均匀地撒施在秸秆上，对于种植水稻作物的灌深水泡田。
3、施用基肥：按常规合理施用基肥，好在平整土地时施入。
4、播种：播种小麦（油菜）的，播种量较常规栽培法增加约10%，将种子均匀地撒播在稻草上面，拍打稻草，使种子掉落到稻草下面接触土壤，并适当采用播后泼清粪水或灌跑马水的方法提高出苗率。播种水稻的，通常采用水稻早育插秧技术，若采用抛秧技术栽培，可将秸秆分垄，抛栽后7天要让秧根接触到水。
5、田间管理：按常规方法进行田间管理，及时追肥、除草、晒田、防治病虫害。
二、秸秆堆腐还田
1、堆腐准备：将家农微生物腐熟剂2公斤和5公斤碳酸氢铵、5公斤过磷酸钙充分混合备用，供处理一亩地秸秆量用。
2、堆制：将作物秸秆收集在离水源近的地方，分层堆放，每层20厘米，用水浇透，水分含量达65%，把准备好的腐熟剂与肥料的混合物按一定比例均匀地撒在秸秆上，依此类推。堆制成宽1.5-2米，高1米，长度不限的堆积物状。
3、覆盖、翻堆
用透气的草或麻袋覆盖在堆积后的秸秆上，以防日光直射或雨淋。夏季约15-20天，冬季约20-30天即成有机肥料供用。