在各种肥料的使用中，复合肥往往成为，这是因为复合肥养分含量高，物理性状好，分解缓慢，肥效较长，不易流失，能为作物整个生长发育过程提供较为均衡的营养，且增产增收效果明显。但在施用过程，要选择正确合理的使用方法，才能大限度的发挥其肥效：
一、要分类施用
也就是说要因土壤因作物选择复合肥品种：水稻、玉米、高粱等谷类作物需氮肥较多，可选用氮磷复合肥；豆科作物能固定空气中的游离氮，可选用磷钾复合肥；而经济作物则可选用与当地土壤、气候条件相适应的三元或多元复合肥。
二、要配比施用
即与单质肥料配合施用。复合肥中的营养成份是固定的，只有与各种单质肥料配合施用，才能满足作物不同时期对养分的需求。一般来说复合把适合作基肥，一般亩用量为30～40㎏，不宜用于苗期肥和中后期肥，以免作物贪青陡长；而单质肥料可作追肥施于作物需肥的高峰期和关键期。
三、要科学施用
主要是施用方法要得当。不同复合肥，其各种营养成分的比例和形态是不一样的，加上土壤类型和作物种类不同，因而施肥的方法也应区别对待。粘性土壤保肥力强，应深施；沙质土壤易脱肥，可少量多次施用；含铵态氮的复合肥，应深施覆土，减少损失；含磷、钾养分的复合肥，应集中施用，施于根系附近，既避免养分被固定，又便于作物吸收利用；价格偏高的磷酸二氢钾，则一般不应作基肥，而适宜作根外迫肥。
复合肥用作种肥时，应注意避免种子与肥料直接接触或种肥混合使用，因复合肥养分含量一般较高，若与种子或幼苗根系直接接触，会影响出苗，甚至引起烧苗和烂根，因此在播种时，种子要与穴施或条施的复合肥相距5～10㎝左右，切忌直接与种子同穴施用而造成肥害。