市面上有很多微生物制剂的菌种，多种多样，造成在选择上产生很大困惑，下边是选择菌种的方法：
1、微生物菌种选择
动物消化道微生物具有多样性和特异性，不同动物种类对菌种的要求不同，同一菌株用于不同动物，产生的效果差异也较大。使用时一定要掌握菌种的特性和功效，选择不当起不到应有效果，反而会破坏原有菌群，甚至引发疾病
2、微生物菌种应用时间
微生物制剂应用要从子畜开始使用，以有益菌优先定植。因为制剂进入体内后要有一段时间进行微生物菌群调整才能定植下来。
一般认为，乳酸菌类在各种动物的各阶段添加均较好，芽孢杆菌类在生长期添加较好，在幼龄期可以添加；曲霉菌类在幼龄期，水产动物全期不必添加；酵母菌类在生长期不必添加；在水产动物养殖中，以改善水质为目的时，可将微生物制剂或光合细菌直接洒于水中。
3、微生物菌种添加方式
一般粉状饲料添加微生物制剂效果较好，颗粒饲料和膨化饲料在加工过程中的高温可造成10%~30%的芽孢杆菌，90%以上的肠球菌以及以上的酵母失活，而乳酸杆菌几乎全部被杀灭。因此，在颗粒饲料中要使用耐热，耐挤压的芽孢杆菌制剂。乳酸菌不耐高温，应采用冻干后包被或采用喷雾干燥的方式制成的乳酸菌制剂。使用时好采用饮水方式，以利于乳酸菌优先粘附于肠壁。
4、微生物菌种剂量与浓度
微生物制剂中必须含有相当数量的活菌才能达到效果。当进入动物肠道食糜中外源菌数大于1000万个每克时，都会对肠道内原有菌群产生较大的影响。因此，微生物制剂在产品中活菌数含量为10亿~20亿每克时效果佳。
我国正式批准生产的微生物制剂中规定每克芽孢杆菌含量要多于5亿个。以酵母菌产品为例，目前市场上销售的产品活菌数从每克几亿到200亿不等，在选择是要认真鉴别。
5、微生物菌种的影响
细菌类的微生物制剂对敏感，不宜与同时使用，使用微生物制剂的前后二天应停止使用。好先用抗菌清理肠道，为益生菌的定植和繁殖扫除障碍，然后再饲喂微生物制剂，可提高使用效果。酵母菌类属于真核生物，生物学活性与细菌完全不同，对、磺胺类和一些抗菌剂有天然抗性，可与同时使用。
6、微生物菌种保存条件和期限
微生物制剂均为活菌制剂，由于大多数菌种在饲料加工、运输中容易失活，应用中要注意保存期限。通常微生物制剂应密封保存于阴凉避光处，储存时间不宜过长，有效期一般为一年左右，随着保存时间的延长，活菌数量不断减少。类暴露在空气中容易死亡，有的产品对其进行了包被或真空包装处理，应在打开包装后规定的时间内用完。酵母类属于兼性，可以保存较长时间。芽孢杆菌类有效期比其他类型长，可达2年左右。