微生物肥料之所以好又贵，主要是因为其所含的菌种，那么它都有哪些菌种？这些菌种都有什么作用？
枯草芽孢杆菌：增加作物抗逆性、固氮。
地衣芽孢杆菌：抗病、杀灭有害菌。
侧孢芽孢杆菌：促根、杀菌及降解重金属。
胶质芽孢杆菌：有溶磷、释钾和固氮功能，分泌多种酶，增强作物对一些病害的抵抗力。
泾阳链霉菌：具有增强土壤肥力、刺激作物生长的能力。
菌根真菌：扩大根系吸收面，增加对原根毛吸收范围外的元素（特别是磷）的吸收能力。
放线菌：拮抗病原菌防病壮菌的作用，分泌细胞分裂素促进作物的生长。
乳酸菌群：具有很强的杀菌能力，能有效抑制有害微生物的活动和有机物的急剧腐败分解，能够分解在常态下不易分解的木质素和纤维素，并使有机物发酵分解。乳酸菌还能够抑制连作障碍产生的致病菌增殖。
酵母菌群：合成促进根系生长及细胞分裂的活性化物质，促进其它有效微生物增殖所需要的基质（食物）提供重要的给养。
EM菌：由双岐菌、乳酸菌、芽孢杆菌（地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、胶质芽孢杆菌、苏云金芽孢杆菌等）、光合细菌、酵母菌、放线菌、醋酸菌等单一菌种经特殊工艺单独扩培、发酵、喷雾干燥而成的高效复合微生物菌种。