微生物有机肥是有机固体废物（包括有机垃圾、秸秆、畜禽粪便、饼粕、农副产品和食品加工产生的固体废物）经微生物发酵、除臭和完全腐熟后加工而成的有机肥料或者有机微生物包膜肥。
微生物有机肥的功效
调理土壤、激活土壤中微生物活跃率、克服土壤板结、增加土壤空气通透性。
减少水分流失与蒸发、减轻干旱的压力、保肥、减少化肥、减轻盐碱损害，在减少化肥用量或逐步替代化肥的情况下，提高土壤肥力，使粮食作物、经济作物、蔬菜类、瓜果类大幅度增产。
提高农产品品质、果品色泽鲜艳、个头整齐、成熟集中，瓜类农产品含糖量、维生素含量都有提高，口感好，有利于扩大出口，提高售价。
改善作物农艺性状、使作物茎杆粗壮，叶色浓绿，开花提前，做果率高，果实商品性好，提早上市时间。增强作物抗病性和抗逆性、减轻作物因连作造成的病害和土传性病害，降低发病率；对花叶病、黑胫病、炭疽病等的防治都有较好的效果，同时增强作物对不良环境的综合防御能力。
化肥施入量的减少，相应地减少了农产品中硝酸盐的含量。试验证明，生态有机肥可使蔬菜硝酸盐含量平均降低48.3--87.7%，氮、磷、钾含量提高5--20%，维生素C增加，总酸含量降低，还原糖增加，糖酸比提高，特别是对西红柿、生菜、黄瓜等能明显改善生食部分的品味。所以说，用了生态有机肥，农产品叶色鲜嫩，滋味甘美，更好吃了。
微生物有机肥的优点：
（一）、无污染、无公害。
微生物有机肥是天然有机物质与生物技术的有效组合。它所包含的菌剂，具有加速有机物质分解作用，为作物制造或转化养分提供“动力”。同时菌剂兼具有提高化肥利用率和活化土壤中潜在养分的作用。
（二）、活化土壤养分，促进作物根系活力、增加肥效。微生物有机肥料能使土壤中原来被化合固定而不能被作物吸收的磷、钾养分被分解，从而起到活化土壤中磷、钾等养分的作用，增加土壤有机质含量，促进土壤团粒结构形成，消除土壤板结，从而使作物根系发达，增强活力。对土壤中氮的转化率达到5—13.6%；对土壤中磷、钾的转化率可达到7—15.7%和8—16.6%。
（三）、节能降耗，保护生态环境。固氮菌在常温常压条件下即可完成氮的转化过程，为作物提供丰富的养分，同时又不会造成亚硝酸盐的残留而污染环境，起到了很好的节能降耗、保护环境的作用。所以，固氮菌是当前无公害农产品生产中广泛推广应用的肥料产品。
（四）、提高肥料利用率，节约投资。微生物有机肥与无机复合肥混合施用，可明显提高化肥利用率10%-15%，节省20%左右的化肥用量。在无公害农产品生产中，采用有机肥料、无机肥料与微生物有机肥相结合的施用方法，改变了传统农业生产向有机农业生产方式过渡，从而实现高产、优质、高效、低耗的目标。
（五）、提高作物产量，改善作物品质。微生物有机肥料可增加农产品有效营养成分，如面粉中的面筋含量、不同大豆中的油脂含量、蛋白质含量，蔬菜瓜果中的维生素、糖的含量。有关试验表明，微生物有机肥不仅能使粮食作物增产10%左右，果菜类增产15%左右，而且还可使产品外观有较大改善。
（六）、抑制土传病害。生物肥能促进作物根际有益微生物的增殖，改善作物根际生态环境。有益微生物和抗病因子的增加，还可明显地降低土传病害的侵染，降低重茬作物的病情指数，连年施用可大大缓解连作障碍。