现在大棚种植越来越普遍，但大棚种植作物由于反季节的特点，很容易滋生病虫害，并且难以防治，长期下去病害越来越严重，因此大棚种植户每年都必须进行土壤杀菌消毒。土壤杀菌消毒大致有以下几种：
物理消毒杀菌
高温闷棚法
利用太阳的能量烤棚是一种很好的土壤消毒方法。夏季高温季节，设施栽培换茬之际，将温室大棚密闭，在土壤表面撒上碎稻草(每667平方米用量700~1000千克)和生石灰(每667平方米用量500千克)，深翻土壤30厘米，使稻草、石灰、土壤均匀混合，然后起大垄灌大水。
并保持水层，盖严棚膜，密闭大棚15~20天。石灰遇水放热，促使稻草腐烂也放热，再加上夏季天气炎热和大棚保温。白天棚内地温可达55~60°C，25厘米深土层全天温度都在50°C左右，半月左右即可起到消毒土壤和除盐的作用。单独利用灌水闷棚或者生石灰闷棚也可以，但效果比这种方法差一些。
蒸汽热消毒
用蒸汽锅炉加热，通过导管把蒸汽热能送到土壤中，使土壤温度升高，杀死病原菌，以达到防治土传病害的目的。这种消毒方法要求设备比较复杂，只适合经济价值较高的作物，并在苗床上小面积施用。
此外，对于小面积的地块或苗床，也可以将配制好的培养土放在清洁的混凝土地面上、木板上或铁皮上，薄薄平摊，暴晒10~15天，既可杀死大量病原菌和地下害虫，也有很好的消毒效果。
化学消毒杀菌
使用土壤薰蒸剂
特点：适用于温室、大棚、塑料拱棚、花卉、烟草、中草药、生姜、山药等经济作物苗床土壤、重茬种植的土壤，及组培种苗等培养基质、盆景土壤、食用菌菇床上的熏蒸，能预防线虫、真菌、细菌、地下害虫等引起的各类病虫害并且兼防马塘、看麦娘、莎草等杂草，对芸豆黄叶、红根、黄瓜烂根等效果显著，六效合一。
使用量及施药要点：
温度、湿度、深度、均匀、密闭施药后保持土壤湿度在65%--75%之间，土壤温度10℃以上，施药均匀，药液在土壤中深度大15--20cm，施药后立即覆盖塑料薄膜并封闭严密，防止漏气，密闭15天以上，亩用量25kg--40kg。
使用方法：
1.整地：施药前先把有机肥施足（不含菌剂）把地耕松、整平。
2.覆膜：把平整的好的土地，用地膜完全覆盖，防止药气泄露。
3.施药：按制剂用量加水稀释60--100倍，随水冲施。（水越大越好）
4.除膜：施药后10天后除去地膜，耙松土壤，是残留气体充分挥发5--7天。
5.定植：待土壤残余气体散尽后，撒入菌剂耕松土壤，即可种植或播种。
使用土壤消毒剂
产品特点：
本品是一种新型综合广谱土壤消毒杀菌剂，能快速杀灭各种土传病害，具有对细菌、真菌、病毒、芽孢等病菌速度快，效果、触极土壤深、无公害等特点。适用于温室大棚、塑料拱棚、苗床、大田、山地药材基地土壤消毒是无公害农作物生产土壤必备杀菌消毒剂。
施用时期和方法：
作为病菌铲陈剂用于清园时，土壤温度须高于5℃，本品按1000倍稀释成药液，均匀喷雾至翻耕深处和土壤表层，即可杀菌消毒。
拌土撒施杀菌消毒方法：
土壤翻耕20-40厘米深时，本品拌细土（戴好防护手套或用工具）均匀撒施在翻耕土层处，然后平整土地，亩用量500-1000克，药后4小时即可播种或栽种，不需要覆膜。
喷灌、滴灌、微灌杀菌消毒方法：
本品用足量清水稀释后，根据需要可依次加入肥料、微肥或其它农药，充分混台均匀后，可直接对栽种土壤和栽种坑（槽）靶标目标实施消毒杀菌亩用量100-200克。
培养土杀菌消毒方法；
每立方米培养土施用本品100克，拌匀后用薄膜覆盖约2天，揭膜后待药昧挥发即可使用。
每季作物种植完后均进行土壤杀菌消毒就可以很好的抑制土传病害的发生，对大棚长期种植是十分必要的，大棚种植户一定要引起高度重视。