复合肥具有养分含量高、副成分少、物理性状好等优点，对于平衡施肥、提高肥料利用率，促进作物的高产稳产有着十分重要的作用。但它也有一些缺点，比如它的养分比例总是固定的，而不同土壤、不同作物所需的营养元素种类、数量和比例是多样的。因此，施用前好进行测土，了解田间土壤的质地和营养状况。
目前，复合肥的发展具有三大趋势：
是多品种专用化。不同作物有不同的专用肥，专用肥是根据作物生长发育规律和吸肥量研制生产的。农民在选用复合肥时，要根据不同作物选择相应的专用肥。如果不是专用就违背了作物吸肥规律，使作物的增产潜力得不到发挥，同时造成某些营养元素浪费。
第二是多功能药用化。将农药和化肥结合到一起，免去药剂拌种程序，一次施用既能作物所需养分又能防治地下害虫和苗期病害，可起到多重效果。
第三是高浓度长效化。随着农业生产的发展，高浓度长效化的复合肥越来越受到农民欢迎，这种类型肥料的应用减少了施肥用量，方便耕作，免去追肥环节，减轻了劳动量。
要与多种肥料配合施用。虽然现在大多数复合肥都是多元的，但仍然不能完全取代有机肥，有条件的地方应尽量增加腐熟有机肥的施用量。复合肥与有机肥配合施用，可提高肥效和养分的利用率。有机肥的施用，不仅改良土壤，活化土壤中的有益微生物，更重要的是节省能源，减轻环境的污染。施用一些生物有机肥，不但可免去传统制作有机肥的繁琐过程，而且可为土壤提供大量的有益微生物，活化土壤养分，减少连作障碍。
专用复合肥虽然根据作物的需肥特点、土壤的供肥特性，确定了适宜的养分配比，但也很难完全符合不同肥力水平土壤上作物实际生长的要求。因此，有必要根据作物的实际生长情况，再配合施用一些单质肥。如在缺氮土壤上对需氮较多的叶菜类，需施用一些氮肥，在缺钾土壤上对需钾较多的西瓜后期要施用一些钾肥。