菌肥是一种比较特殊的肥料，它是从自然界中采集到的活性菌种，经人工提纯、复壮等技术加工研制而成的一种无公害新型复合生物肥。在施用过程中应注意以下两点：
地点对含硫高的土壤和透水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。
温度施用菌肥的温度是25-37摄氏度，低于5摄氏度，高于45摄氏度，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌适温度土壤的含水量是60%-70%。
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