秸秆腐熟剂是由多种具有秸秆腐熟功能的微生物与生物酶组成的，使用害、无污染。将腐熟剂加入秸秆中，能在的较短时期内将粗纤维等有机质分解。其中所含的一些微生物具有生物菌肥的作用，使腐熟秸秆还田后培肥土壤，改良土壤生态，增强土壤透气性，缓解土壤板结与盐碱危害、利于作物生长，叶有利于抑制土壤中致病菌，减轻土传病害发生。如何使用秸秆腐熟剂才能取得的效果呢？关键是抓住“水足、药匀、封严”这三个要点。
1.水足。干秸秆先压扁或尽量切成小段（5-10cm），按秸秆重量的2倍加水浸泡，把秸秆浸透。可根据秸秆吸水性能有所调整，鲜秸秆本身含水量很高，基本不需要再加水。使秸秆含水量达到65%（把秸秆抓起用手握紧，有水滴滴下即可），这是堆肥成败的关键。
2.药匀。按规定用量加入腐熟剂，一般为秸秆重量的0.1%-0.5%，另加秸秆干重2%的尿素或5%的碳酸氢铵调节碳氮比，加速发酵。堆肥分3层，、二层各厚60厘米，第3层厚30-40厘米，分别在各层均匀撒上腐熟剂和尿素（或碳酸氢铵），配成溶液泼洒，用量比自下而上为2∶1∶1。
3.封严。将秸秆堆垛成宽2米，高1.5-1.6米的草垛，并用锨轻轻拍实（不可用脚踩），用塑料薄膜或泥封堆，若封泥泥厚2厘米左右，一定要封严，以防水分蒸发太快和堆温扩散、氮素损失，降低腐熟肥的质量。用腐熟剂堆垛与自然降解相比，有使用方便、成本低、灭除病原菌、养分含量高、腐熟时间短（因秸秆种类而异，一般10-30天，鲜秸秆比干秸秆腐熟快）的特点。
施用秸秆腐熟剂堆制的肥体积小、重量轻，便于运输。肥料腐熟程度较高，有机质及养分含量高，肥效长久，主要用做蔬菜基肥，一般视情况每亩施用500-1000公斤成肥，并根据作物需要配施大量元素化肥和微量元素肥料，有机无机配合施用，可提高肥料利用率，改良土壤。
