肥料有着很多的种类，不同肥料的效果和施用方式也各不相同，微生物肥料的施肥应该根据不同种类来选择相对应的施肥方式和合适的施用量。
复合微生物肥可作基肥和追肥，每亩施用量10～20公斤；稀释500倍作叶面肥，按产品说明书要求喷施。
生物有机肥可作基肥和追肥，作基肥时每亩施用量约100公斤，配施适量农家肥；作追肥用量适当减少，比化肥提前7～10天施入，且应配施适量化肥。
农用菌型每亩用2公斤固态菌剂与40~60公斤腐熟有机肥混合均匀后作基肥、追肥或育苗；将固态菌剂与营养土掺匀制作营养钵，或与稀泥浆混拌，在苗木移栽前蘸根；播前将种子浸入10～20倍菌剂稀释液或用稀释液喷湿。使种子与液态生物菌剂充分接触后再播种；幼苗移栽前将根系浸入稀释10～20倍的液态菌剂中，然后立即取出，或用上述稀释液喷湿幼苗根系；将菌剂稀释100倍后用于灌根或冲施；将菌剂稀释500倍作叶面肥。
当土壤氮、磷、钾养分含量较高或大量施用氮、磷、钾化肥时，根瘤菌、解磷、解钾菌肥的效果下降，甚至受到抑制，例如氮肥施用过量就会抑制根瘤菌的活动，降低根瘤的固氮作用。
