现在越来越多的人开始使用生物菌肥，它除了比较经济外，还有很多优点如下：
1.改良土壤。(1)通过有益菌的大量繁殖，大量有益菌在植物的根系周围形成了优势种群，抑制了其他有害菌的生命活动。(2)快速分解土壤有机物质，促进土壤团粒的形成，且通过有益菌的活动能够疏松土壤，土壤的保肥、供肥、保水、供水及透气性都得到很好的调节。(3)分解土壤中的农药残留，避免残留农药对下季作物产生药害。还对植物生长过程通过根系排放的有害物质进行分解。
2.固氮、解磷、解钾功能。能够部分利用空气中的氮，通过有益菌生长代谢产生相应的酶和酸，可对土壤中难溶性的磷、钾肥(土壤中难溶性磷肥占95%，难溶性钾占98%)进行分解，从而成为植物所能吸收的磷钾肥。因此能够大大提高作物对肥料的利用率，从而减少肥料的施用。＇
3.提高作物品质。解磷、解钾的同时，能够促使土壤中微量元素的释放，被作物所利用，同时有益菌代谢产生多种植物所需的物质，如小分子氨基酸、生长刺激物质、维生素等。
4.达到生物防治病害的效果，灌根可抑制土壤中的病菌，喷到叶面，可防止病害的入侵。
5.促进作物早熟和延长采收期。由于土壤理化性质得到改善，土壤养分丰富且平衡，土壤中肥料能够更好的被作物很好的吸收，因此能够促进作物早熟和延长采收期。
6.和有机肥配合使用，能够持续不断的改良土壤，2-3年就可使土壤完全达到生产有机作物的标准，且因为有益菌能够快速分解有机物质为作物吸收，所以克服了有机肥料肥效慢的特点，单施有机肥产量低的特点。
7.生物菌肥不像化肥那样，一次性将过量的可溶性营养元素带入土壤，生物菌肥可避免环境污染，且有益菌不断的在植物根系周围不断的繁殖代谢，持续地、非过量的向作物提供营养。
8.生物菌肥料使用量少，节省了搬运力。
