牡丹在生长过程中是不可离开肥料的，尤其是氮磷钾等要素较全的肥料，如鸡、鸽、兔、蚯蚓、猪、狗、牛、羊粪等有机肥。但必须经过沤制腐熟才能施用。未经腐熟的肥料，发酵分解一种有机酸，会使根腐烂。城市里可用淡水鱼杂、鸡杂、碎骨头等加水沤制腐熟后施用。沤制时冬晒三个月，夏晒一个月以上，制成浆糊状。需加水稀释后在生长期和花后施用，盛夏炎热时不施肥。
盆栽牡丹可以施基肥，但也必须经过充分腐熟后施用。施用时在盆底施上一寸厚的粪肥，然后覆一寸厚的土，切忌根部直接与肥接触。
为保险起见，盆栽牡丹不施基肥。盆栽牡丹生长期，在不接触根系的情况下，在植株周围的盆土表层，开沟埋一圈腐熟的畜禽粪，使肥料慢慢渗到盆土中，供牡丹生长用。
为防肥害，盆栽牡丹使用配制好的培养土，以30％畜禽粪，30％的河沙，40％的山坡土或沙质土壤，经过一伏天、一冬天的沤制腐熟，制成肥沃的盆土，再栽植牡丹。
