随着菜农对土壤改良意识的不断提高，微生物菌剂的使用越来越广泛，那么，怎样施用才能将微生物菌剂的肥效发挥到大呢？
一是提供良好的生存环境。
微生物菌生存的佳温度是22℃－35℃，低于5℃及高于40℃，其活性大大降低，施用后效果较差；土壤的干湿程度也影响着微生物菌的活性，当大水漫灌或土壤干旱时，会使微生物菌因“呼吸不畅”而影响生存，尤其对好氧菌的影响会更大。
一些不恰当的农事操作，如全棚覆盖地膜，不利于空气中的氧气进入土壤，也不利于有害气体排出土壤，阻挡了土壤气体交换，也影响了微生物菌对氧气的需求；此外，在冬季冻棚期间，会因土壤干湿状况不稳定、以及冻棚期间不进行中耕松土或划锄等农事操作，使土壤透气性较差，也会影响微生物菌的生存和繁殖；所以，施用微生物菌剂前，菜农可通过提前浇小水、控制好温湿度等措施，为微生物菌创造适宜的生存环境，以肥效。
二是提供充足的“粮食”。
微生物菌是一种活体菌种，其生存和繁殖必然需要充足的“食物”供应，而它的生长和繁殖是通过分解有机物质来完成的，所以我们可以把有机物质看作是微生物菌的“食物”，若有机质不足，微生物菌会因为“食物”不足而失去生存能力。
在蔬菜栽培中，有机质主要的来源是有机肥，有机肥为蔬菜生长、土壤改良、微生物菌的存活提供大量的有机质和养分，这些养分在有益菌的分解下更利于蔬菜吸收，更利于缓解土壤疲劳，延长土壤使用寿命。因此，微生物菌剂与有机肥是一对好搭档，二者搭配施用，可将肥效达到1+1＞2的效果。
三是适当补充“保健品”。
有了足够的“粮食”，还需要为微生物菌适当补充“保健品”，以提高有益菌的活性和种类。这些“保健品”主要指甲壳素类肥料，据了解，甲壳素不仅能够提高土壤中的自生固氮细菌、纤维分解细菌、乳酸细菌等有益菌的比例，且对于微生物菌剂中的放线菌、解磷解钾菌等有促进生长的作用，而对于根结线虫、常见的霉菌和其它丝状真菌有明显的抑制作用。
若微生物菌剂与甲壳素肥料配合施用，不仅具有预防根结线虫和根部病害的作用，还具有促进生根、养护根系的作用，一举两得。
微生物菌剂-金门子
有效活菌数≥2.0亿/克
有机质≥50%、氮磷钾≥5%
净含量：40kg