化肥和有机肥混合使用后能提高肥效，但有些化肥和有机肥是不能混合使用的，使用不当反而降低肥效。
可以与有机肥混合的：钙镁磷肥、磷矿粉与厩肥、堆肥混合，由于堆肥发酵产生各种有机酸，可以促使钙镁磷肥中的磷溶解，因而可以提高磷肥效果；过磷酸钙与厩肥、堆肥混合施用，还可以减少磷的固定；泥炭等有机肥与草木灰、钢渣磷肥等碱性肥混合后，可以相互中和并相互提高肥效；人粪尿中混以少量过磷酸钙，可形成磷酸二氢铵，减少氨的挥发损失。
不宜和有机肥混合的：含硝态氮的化学肥料与未腐熟的堆肥、厩肥或新鲜秸秆堆制，由于反硝化作用，易引起氮素损失；新鲜秸秆类肥料与化学氮肥混合施用，会因微生物的大量繁殖，其中氮大都已转化成铵态氮，不宜再与碱性肥料混合，否则会使氮挥发损失。
